El Campeonato de Primera B Nacional 2003-04 fue la decimoctava temporada disputada de la categoría. El formato del torneo fue similar al de la temporada anterior, con la continuación de los torneos cortos de Apertura y Clausura.

Se incorporaron Unión y Huracán (descendidos de Primera División), Ferro Carril Oeste (campeón de la Primera B Metropolitana) y Tiro Federal (campeón del Torneo Argentino A). Con los 2 descensos y 2 ascensos del torneo anterior, y las 4 incorporaciones, el número de equipos se mantuvo en 20.

Se disputaron dos torneos (Apertura y Clausura), cada uno a una rueda de todos contra todos (19 fechas). Los partidos del Clausura representaron los desquites del Apertura, invirtiendo la localía.

Instituto ganó el Apertura y Almagro el Clausura, por lo que disputaron una final a dos partidos. Instituto se impuso con gol de oro en la vuelta (1-0 ida para Almagro, 2-0 para Instituto) y obtuvo el primer ascenso. El segundo ascenso fue para Almagro, que venció a Huracán de Tres Arroyos por penales (2-0 y 0-2, 4-3 en penales). Huracán (TA) y Argentinos Juniors (ganador de la eliminatoria contra Godoy Cruz) disputaron promociones con Primera División contra Atlético de Rafaela y Talleres (C) respectivamente, logrando ambos el ascenso.

Los descensos se decidieron mediante dos tablas de promedios de las últimas 3 temporadas, una por cada afiliación. Descendieron Gimnasia y Esgrima (CdU) por la Interior y Los Andes por la Metropolitana. La CAI y Unión disputaron promociones con equipos del Argentino A y Primera B Metropolitana respectivamente, logrando ambos mantener la categoría.