El Torneo Argentino B 1998-99 fue la cuarta edición de la cuarta categoría del fútbol argentino para clubes indirectamente afiliados a la AFA. Se desarrolló entre octubre de 1998 y julio de 1999, con la participación de aproximadamente 101 equipos provenientes de todo el país.

Se disputó en cinco etapas más un torneo reclasificatorio. La Primera etapa se dividió en seis regiones (Bonaerense, Norte, Centro, Litoral, Cuyo y Sur). La Segunda etapa reunió a los clasificados en grupos regionales. La Tercera etapa continuó con ocho zonas, seguida por la Cuarta etapa con cuatro zonas. La Etapa final definió los ascensos al Torneo Argentino A en dos grupos de cuatro equipos.

Los ascensos directos al Torneo Argentino A 1999-00 fueron para Racing de Córdoba, Tiro Federal de Rosario, Huracán de Tres Arroyos y Comisión de Actividades Infantiles de Comodoro Rivadavia.