La octava edición del Torneo Argentino A se disputó entre agosto de 2006 y julio de 2007. Participaron 24 equipos divididos en tres zonas geográficas de 8 equipos cada una (A, B y C), disputando torneos Apertura y Clausura.

En cada torneo (Apertura y Clausura), los dos primeros de cada zona y los dos mejores terceros clasificaban a una fase final eliminatoria con cuartos de final, semifinales y final, todas a ida y vuelta.

Sportivo Desamparados se consagró campeón del Apertura 2006 tras vencer a Santamarina en la final por penales (3-1 en la vuelta, 2-1 en penales). En el Clausura 2007, Guillermo Brown obtuvo el título derrotando a Rivadavia (Lincoln) en la final (2-0 y 2-1).

La final por el ascenso debía enfrentar a los campeones de ambos torneos, pero Desamparados quedó en zona de promoción en la tabla general y fue reemplazado por Independiente Rivadavia, el mejor posicionado en la tabla acumulada. En la final, Independiente Rivadavia empató la serie 2-2 en el global (0-1 y 2-1) y se consagró campeón por penales (3-2), obteniendo el ascenso a la Primera B Nacional.

La temporada estuvo marcada por dos escándalos de arreglo de partidos. En la Zona C, el encuentro entre Central Norte y 9 de Julio de la última fecha del Clausura fue anulado por el Consejo Federal, que otorgó derrota 0-1 a ambos equipos. En la Zona B, el partido entre San Martín y Desamparados también fue sancionado con derrota 0-1 a ambos y una quita de 9 puntos en la tabla acumulada, lo que condenó a San Martín al descenso directo.

Descendieron al Torneo Argentino B: Douglas Haig, San Martín (Mendoza) y Central Norte. Talleres (Perico), Desamparados y Juventud (Pergamino) jugaron la promoción y mantuvieron la categoría.